南海佛祖為飛鳳寺的開基主神。 早期寺廟主祀南海佛祖，後因廣澤尊王神蹟顯赫，南海佛祖慈悲禪讓主神之位，故現以廣澤尊王為主神。 妙應仙妃為廣澤尊王之夫人。寺內設有「台灣第一聖寢」，供奉廣澤尊王與妙應仙妃的眠床與生活用具。 十三太保為廣澤尊王之子，供奉於十三太保殿。
