主要信仰

飛鳳寺供奉主神 「廣澤尊王」、原主神 「觀音佛祖」、「朱府千歲」。

朱府千歲 是吳萬居到枋寮捕魚時生病認為是朱府千歲顯靈救了他，遂將朱府千歲迎回飛鳳寺。
妙應仙妃 新廟左偏殿則是「臺灣第一聖寢」，供奉廣澤尊王之妻「妙應仙妃」。
管府千歲、十三太保 此外遷村前，就廟後方有間「管府廟」，其主神管府千歲與十三太保（廣澤尊王的兒子們）一起供奉在右偏殿。

▎敬拜流程

本寺總共六支香，在二樓內外有兩個香爐，每爐三支香。
1、大殿外：天公爐
2、大殿 中央：廣澤尊王、觀音佛祖、朱府千歲
3、大殿 龍邊：註生娘娘
4、大殿 虎邊：福德正神
5、妙應仙妃殿：妙應仙妃
6、十三、管府保殿：十三太保、管府千歲