主要信仰

飛鳳寺供奉主祀 「廣澤尊王」、配祀「南海佛祖」、「朱府千歲」。

朱府千歲 是吳萬居到枋寮捕魚時生病認為是朱府千歲顯靈救了他，遂將朱府千歲迎回飛鳳寺。
妙應仙妃 新廟左偏殿則是「臺灣第一聖寢」，主祀 廣澤尊王、妙應仙妃。
遷村前有間管府廟，因政策遷村，管府千歲就供奉在本寺的右偏殿與十三太保，主祀十一太保、管府千歲。

▎敬拜流程

本寺總共六支香，在二樓內外有兩個香爐，每爐三支香。
1、大殿外：天公爐
2、大殿 中央：主祀廣澤尊王；配祀南海佛祖、朱府千歲
3、大殿 龍邊：註生娘娘
4、大殿 虎邊：福德正神
5、妙應仙妃殿：主祀廣澤尊王、妙應仙妃
6、十三太保、管府千歲殿：十一太保、管府千歲